O Programa Mata Ciliar é realizado em parceria com o Instituto Ambiental do Paraná (IAP), com foco na conscientização dos agricultores quanto à importância da preservação da Mata Ciliar de suas propriedades. Por meio do programa, a cooperativa produz as mudas de essências nativas, no viveiro do IAP, para disponibilizar, gratuitamente, aos agricultores da região.
Alguns colaboradores que trabalham nos viveiros do IAP de Ivaiporã e de Maringá (localizado em Mandaguari) são contratados pela Cocari. A estrutura de estufa, irrigação, sementes e apoio técnico são oferecidos pelo instituto. O viveiro de mudas do IAP de Maringá tem capacidade de produção de até 600 mil mudas por ano, e atende 23 municípios da região.